八旗包括满洲八旗、蒙古八旗和汉军八旗,共二十四旗,这是清政权赖以统治的主要支柱;内务府包衣三旗则是清皇室的奴隶,二者的政治地位不同。所以,尽管清初将八旗和包衣三旗的女子都称为秀女,但挑选的方法和她们在宫中的地位也有所不同。八旗秀女,每三年挑选一次,由户部主持,可备皇后妃嫔之选,或者赐婚近支(即三代以内、血缘关系比较密切的)宗室;包衣三旗秀女,每年挑选一次,由内务府主持,其中虽然也有一些人最终被逐渐升为妃嫔,但承担后宫杂役的,都是内务府包衣之女。
每到准备挑选秀女的时候,先由户部奏报皇帝,奉旨允准后,立即行文八旗都统衙门,由八旗的各级基层长官逐层将适龄女子花名册呈报上来,到八旗都统衙门汇总,最后由户部上报皇帝,皇帝决定选阅日期。因为有病、残疾、相貌丑陋而确实不能入选者,也必须经过逐层具保,申明理由,由都统咨行户部,户部奏明皇帝,获得允准后才能免去应选的义务,听其自行婚嫁。