准噶尔部与和硕特部素有矛盾,策妄阿拉布坦对和硕特部拉藏汗控制西藏早就心怀不满,见拉藏汗与青海诸台吉为真假□□争论不已,便决意趁机出兵。策妄阿拉布坦先娶拉藏汗之姐为妻,又赘拉藏汗之子为婿,使拉藏汗放松对他的戒备。
康熙五十四年,策妄阿拉布坦犯掠哈密,企图打通由新疆东部经青海入藏的道路。康熙帝立即命将军富宁安带兵前往拦截;征喀尔喀蒙古兵集结在归化城(今内蒙古呼和浩特),准备出击;命右卫将军费扬固总理军务。当年八月,富宁安率军到达巴里坤。策妄阿拉布坦将哈密等地劫掠一空而去。应富宁安建议,清军在哈密、巴里坤等地募兵屯田,以备边警。清廷另命青海诸台吉选调兵马,屯于噶斯湖畔(今青海油砂山西南),阻断由青海入藏之路。
策妄阿拉布坦见清军于东面加强防御,便决定由西面入藏,即由伊犁(今新疆伊宁)经阿克苏、喀什噶尔、叶尔羌(今新疆莎车)、和阗(今新疆和田)等地,绕沙漠,翻雪山,进入西藏。康熙五十五年十月,策妄阿拉布坦以护送拉藏汗之子噶尔丹丹衷夫妇回藏省亲为名,派大策零敦多布等率6000兵,向西藏进发。他们昼伏夜行,于次年七月到达西藏北部的纳克产(今西藏奇林错东南,加林错东北)地区,顺利通过腾格里海天险,直趋达木(今西藏当雄)。防守达木的藏军与准噶尔兵发生激烈战斗。拉藏汗正欲亲自往达木迎接亲人,却得知达木已成为战场,便仓猝调集军队,在达木一带阻击敌人。双方于达木相持两个月后,藏兵抵挡不住,于十月八日退至拉萨。十月三十日深夜,大策零敦多布围攻拉萨,第二天,攻入城内,杀死拉藏汗,拘押□□,抢掠各庙宇,将贵重物品运回伊犁。策妄阿拉布坦授意大策零敦多布,在西藏组成以达克咱(即达改哇•拉嘉热丹)为第巴的亲准噶尔政权。
在策妄阿拉布坦派兵进藏之初,康熙帝判断其很有可能与拉藏汗联兵,进攻青海,因而着力加强青海的防御。康熙五十六年七月,康熙帝调署理西安将军湖广总督额伦特,由新疆巴里坤至青海西宁,料理军务粮饷;命西宁总兵官王以谦、侍读学士查礼浑在松潘预备,调荆州2000满洲兵往四川成都,太原500满洲兵往西安。九月初,康熙帝遣侍卫色楞赴青海。
十月下旬,准噶尔兵正月进攻拉萨的消息,由青海亲王罗卜藏丹津奏报给朝廷,康熙帝急派都统和礼往云南;护军统领温普往打箭炉(今四川康定),防准噶尔东进川滇;命青海各台吉加强防御,并派内大臣策旺诺尔布、将军额伦特、侍卫阿齐图等,扎于青海各要地,防范准噶尔。
康熙五十七年初,康熙帝接到拉藏汗于拉萨城即将被攻破时写的奏疏。不久,又得到确切消息,拉藏汗已被杀害,西藏陷入准噶尔之手。二月十三日,康熙帝命侍卫色楞领兵2400人,由青海进讨西藏。五月十三日,色楞率兵前进到青藏交界之穆鲁乌苏(今青海通天河),将军额伦特遣人送信言,已奉旨诱准噶尔兵。对这个诱敌深入、以逸待劳的作战方案,色楞未肯接受。他求胜心切,骄傲轻敌,率兵径入西藏。额伦特奉命率兵策应,于六月十八日也越过穆鲁乌苏,由七岔河抄小路追赶色楞所部。入藏后,色楞部接连小胜准噶尔,于是步步深入藏地,于七月二十日到达喀喇乌苏(今西藏那曲),在河北岸安营,暂待额伦特所部。约于八月初,两军会合。色楞与额伦特遂决计渡过喀喇乌苏河后,占领狼腊岭,然后挺进达木。其时,大策零敦多布已在喀喇乌苏布阵,聚集准噶尔兵和藏兵共数万人,一半防守河南岸,一半绕至清军侧后,截断了清军的饷道。清军被包围后,多次突围未成,到九月中下旬,弹尽粮绝,全军覆没。额伦特阵亡,色楞等5人被俘遇难。
此战后,准噶尔更加嚣张,东进到喀木地.区,窥伺巴塘、里塘,谋犯川滇。康熙帝认为,西藏屏蔽青、滇、川,如让准噶尔长期占据,将边无宁日,遂不顾大臣们反对,决意再次出兵安藏。此次作战,进行了充分的准备。一是任命皇十四子固山贝子允禵为抚远大将军;二是派熟悉边情的四川巡抚年羹尧为四川总督,开辟由四川进藏的路线,筹足粮饷,开设驿站;三是册封塔尔寺的噶桑嘉措为新的六世□□,以更广泛地团结广大藏军和青海各部;四是以护送□□为名,进兵西藏。
康熙五十九年正月三十日,康熙帝命抚远大将军允禵率军,由西宁移驻穆鲁乌苏,居中调度;授都统延信为平逆将军,出青海,向喀喇乌苏进兵,此为清军中路;授护军统领噶尔弼为定西将军,会合云南都统武格所部,由四川巴塘进藏,此为清军南路;命靖逆将军富宁安与振武将军傅尔丹,分别于巴里坤、阿尔泰策应。
当年四月,清军出发。平逆将军延信统领中路清军,护送□□,由西宁进藏。这条道路多深山穷谷,瘴气弥漫,清军除战胜恶劣的自然条件外,接连打破大策零敦多布的重重阻截。八月十五日夜,大策零敦多布袭击驻于卜克河的清营,反被击败。八月二十日、二十二日凌晨,大策零敦多布先后袭击齐伦郭尔和绰马喇的清营,均被击败。大策零敦多布慌忙掉头退向拉萨,后率少数人回到伊犁。延信将大军留驻达木,率少量骑兵,护送□□向拉萨进发。
南路清军在噶尔弼率领下,自成都启程,经打箭炉、里塘、巴塘,于六月间至察木多(今西藏昌都);七月底八月初进至拉里(今西藏嘉黎)。时大策零敦多布派吹木丕勒寨桑,率2600人,守御墨竹工卡。噶尔弼改变原定等候中路大军的计划,于八月初六日直扑墨竹工卡。吹木丕勒寨桑逃往达木,墨竹工卡的呼图克图归顺清军。清军顺利占领墨竹工卡后,即向噶尔招穆伦渡口。这里有第巴达克咱领藏兵2000余人据守。清军一到,藏兵便不战而溃,达克咱投降。至此,进入拉萨之路被打开。噶尔弼决定乘拉萨兵力空虚,直捣拉萨,遂命达克咱准备皮船,于八月二十二日率清军渡过噶尔招穆伦河;随即,兵分三路,进攻拉萨。二十三日晨,拉萨一攻即下。九月十五日,噶桑嘉措在布达拉宫举行六世□□坐床典礼。驱准噶尔安定西藏战争结束。从此,清朝进一步加强对西藏的统治,派兵驻藏,组成四噶布伦联合掌政的西藏地方政府。