噶尔丹死后,策妄阿拉布坦成了准喝尔的统治者,他是准噶尔部僧格汗次子,当噶尔丹打算尽除僧格遗族以除后患时,策妄阿拉布坦率父旧党逃往巴尔喀什湖畔,此后一直臣服于清政府,与噶尔丹势力为敌,并将噶尔丹尸首和家眷献给清廷。清廷为酬其劳,将阿尔泰山以西对伊黎的广大地区划归策妄阿拉布坦管辖。
策妄阿拉布坦实力增强后,在沙俄的支持下,四出扩张。康熙三十七年(1689年)、三十八年(1699年)连续出兵进攻哈萨克,夺取了额尔齐斯河西岸及哈萨克草原的大片地方,势力扩张到锡尔河下游。康熙四十七年(1701年),土尔扈特部一万五千户部众为其所吞并。此后,策妄阿拉布坦又谋占南疆,在那里建立起傀儡政权,接着将兵锋批量向西藏。
自崇德七年(1642年)青海和硕特部首领顾实汗入藏以来,西藏一埋归和硕特蒙古汗王控制。拉藏汗继位后,西藏教界竭力谋划逐和硕特汗王出西藏。拉藏汗虽然勉强控制着局势,但统治十分不稳,策妄阿拉布坦乘机袭取西藏。康熙五十五年(1716年)十月,策妄阿拉布坦派大策凌敦多布率兵六千自伊犁西南出发,徒步绕过大戈壁,翻过和阗大雪山,翌年七月,经腾格里湖(纳木错湖)直指达木。拉藏汗一面遣军至藏北达木草原迎击,一面遣使向清廷紧急求求。两个月后,准噶尔军政陷达木。十月,大策凌敦多布攻占拉萨和布达拉宫,建立起以达克咱为第巴(即藏王)的傀儡政权。
为驱准保藏,康熙五十七年(1718年)二月,清政府令侍卫色楞统率数千清军出征西藏,结果在喀喇乌苏河遭大策凌敦多布重兵阻击,粮道被截,苦战一个多月后终于失败。色楞兵败给清廷以极大震动,康熙帝不顾大臣的反对,坚持"安藏大兵,决宜前进"。二次出兵,清廷吸取了第一次轻敌、诸将掣肘的教训,命皇十四子固山贝子胤禵为抚远大将军,驻扎西宁,总统各路。另派兵驻应浪、甘州加强南路。任命年羹尧为川督,兼管川抚事,增兵四川成都、打箭炉、云南中甸等地。康熙五十九年(1720年),清迁正式策封青海新年胡必尔汗为"弘法觉众第六世□□嘛",命都统延信为平逆将军,护送□□入藏,使清军师出有名。清军分三路进击。北路由振武将军傅尔丹率兵驻察罕庾尔,靖逆将军富宁安率兵屯巴里坤,共四万人,以进攻准噶尔本土,牵制敌人增援西藏为目的。是年,两路大军先后进攻准噶尔边境,并深入乌鲁木齐等地。大败敌军。中路由平逆将军延信率兵1200人,护送□□六世入藏。同时,胤禵移驻木鲁乌苏,管理进藏军务粮饷,调西安将军宗查布驻防西宁。南路由定西将军噶尔弼率川滇兵走拉里入藏。这里大策凌敦多布令宰桑吹木丕勒率军由章米尔戎至噶尔召木伦渡河,守墨竹工卡,阻挡南路清军,自率主力挡中路清军。
四月,南路清军从成都出发,迅速入藏,进驻拉里,等候中路军会师,共同夺取拉萨。这时,墨竹工卡地方之胡图克图主动迎降,准噶乐部宰桑吹木丕勒的援兵尚未抵达墨竹工卡,噶尔弼当机立断,不待中路军到来,直接攻取战略要地墨竹工卡。吹木丕勒半途闻废墟墨竹工卡已失,遂撤往达木。八日(5月3日),清军渡过拉萨河,翌日,从三面攻入拉萨,噶尔弼随后切断准噶尔军粮道,另派精兵前往接应中路军。
中路军自四月从西宁起程,八月举兵入藏以来,在卜克河、齐伦敦尔、扎绰马喇先后击退大策凌敦多布的偷袭,又在达木大败吹木丕勒军。九月,抵达拉萨,十五日(10月16日),□□六世举行了坐床典礼。大策凌敦多布见大势已去,遂从克底野出逃。翌年二月,他带着五百人回到伊犁。